Sinopse

Fred Jones Jr., Daphne Blake, Velma Dinkley, Norville "Salsicha" Rogers e Scooby-Doo é um time de adolescentes solucionadores de mistérios que vivem na pequena cidade de Baía Cristal, o auto-proclamado "lugar mais aterrorizado da terra". A trama longa a história de estranhos desaparecimentos, de aparições de fantasmas e monstros da cidade formam a base para a sua próspera indústria turística e, como tal, os adultos da cidade (o principal deles sendo o pai de "Fred" o Prefeito Sheriff Bronson Stone) sendo que ele não está feliz que as crianças estão derrubando tudo os acontecimentos sobrenaturais que trazem tanto turismo para a cidade.
Além dos casos tradicionais, que eles sempre resolvem, a equipe encontra-se a ser empurrado para a descoberta de um segredo obscuro que se esconde no passado de Baía Cristal. Seguindo pistas enigmáticas de um mistério, mandadas por um homem sem rosto conhecido apenas como "Sr. E", o grupo descobre a lenda de um amaldiçoado tesouro, a história secreta da fundação da família Darrow de Crystal Cove, e o misterioso desaparecimento sem solução de quatro jovens e seu animal de estimação que formavam a Mistério S/A Original. Apesar dos mistérios, no entanto, são os envolvimentos românticos puxando as crianças para além: Shaggy encontra-se incapaz de colocar o seu novo romance com Velma à frente de sua amizade de longa data com Scooby-Doo, enquanto Daphne faz de tudo para que Fred note ela, sendo que este é obcecado apenas por armadilhas, no entando ele também se esforça para perceber que ele sente sentimentos também.